เปเปอร์โครมาโทกราฟี เป็นวิธีการแยกสารที่ผสมกันโดยอาศัยหลักการแพร่พื้นผิวของตัวทำละลาย 2 ชนิดที่ไม่เท่ากัน อันเป็นผลสืบเนื่องมาจากคุณสมบัติเกี่ยวกับความสามารถของตัวทำละลาย เปเปอร์โครมาโทกราฟีเป็นที่นิยมใช้กันอย่างแพร่หลายโดยใช้กระดาษกรองเป็นตัวดูดซับมีเทคนิคการทำเป็นขั้น ๆ ดังต่อไปนี้
1. ตัดกระดาษกรองเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าให้มีขนาดที่ต้องการ
2. ที่ด้านใดด้านหนึ่งของกระดาษกรอง ลากเส้นด้วยดินสอดำให้ห่างจากขอบประมาณ 1 นิ้ว
3. หยดสารละลายที่ต้องการจะแยกด้วยปิเปอตต์รูเล็ก ลงบนกระดาษกรองตามแนวเส้นที่ลากไว้ให้มีระยะห่างพอสมควรแล้วตั้งทิ้งไว้ให้แห้ง
4. ม้วนกระดาษให้เป็นรูปทรงกระบอกแล้วเย็บปลายทั้งสองข้างให้ติดกัน แต่อาจใช้แถบกระดาษเล็ก ๆ แทนก็ได้
5. เตรียมตัวทำละลายผสมให้เหมาะกับสารที่ต้องการจะแยก
6. ใส่ตัวทำละลายในภาชนะที่จะใช้ทำเปเปอร์โครมาโทกราฟี (อาจเป็นบีกเกอร์ แก้วก้นกลมหรือฟลาสก็ได้ แต่ควรมีขนาดเหมาะสมกับกระดาษที่ใช้) ให้สูงจากก้นภาชนะไม่ควรเกิน 3/4 นิ้ว
7. นำม้วนกระดาษกรองที่ทำเตรียมไว้ในข้อ 4 มาใส่ในภาชนะที่เตรียมไว้ในข้อ 6 (ต้องให้จุดบนกระดาษกรองอยู่เหนือตัวทำละลายเล็กน้อย และอย่าให้กระดาษกรองสัมผัสกับข้างภาชนะ) ปิดภาชนะเพื่อป้องกันมิให้ตัวทำละลายระเหย
8. ตั้งทิ้งไว้ให้